INTRODUZIONE AI PROGRAMMI PER L’ALLINEAMENTO DI SEQUENZE NUCLEOTIDICHE

 Il progetto intende fornire allo studente le competenze di base per l’uso di software di assembly e di allineamento di sequenze utilizzando, come caso d’uso, i dati di sequenziamento massivo di tipo RNA-seq di alcune specie di anfibi di interesse per la conservazione della biodiversità.

Tema del progetto – Il progetto introduce gli studenti alle metodologie della bioinformatica applicata allo studio delle sequenze nucleotidiche, attraverso l’utilizzo di software per l’assemblaggio e l’allineamento di sequenze. Come caso di studio verranno utilizzati dati di sequenziamento massivo di tipo RNA-seq relativi ad alcune specie di anfibi di interesse per la conservazione della biodiversità. Il percorso consente agli studenti di comprendere il ruolo degli strumenti informatici nell’analisi dei dati biologici e nella ricerca scientifica.

Obiettivi formativi – Il progetto introduce gli studenti alle principali tecniche bioinformatiche per l’analisi di dati di sequenziamento massivo, con particolare riferimento all’assemblaggio del trascrittoma mediante algoritmi di assembly e all’annotazione delle sequenze ottenute attraverso il confronto con banche dati biologiche. Gli studenti approfondiranno le tecniche di allineamento delle sequenze basate sull’omologia, comprendendo come valutare il grado di similarità tra sequenze nucleotidiche note e sequenze assemblate.

Risultato finale atteso – Alla fine dell’esperienza gli studenti avranno acquisito conoscenze di base sull’utilizzo di programmi bioinformatici per l’analisi di sequenze biologiche e saranno in grado di scegliere e utilizzare gli algoritmi di assembly e di allineamento più adeguati per l’analisi di dati di sequenziamento massivo RNA-seq.

Dettagli operativi del progetto – Le attività previste dal progetto comprendono:

• introduzione teorica ai principi della bioinformatica, al sequenziamento massivo RNA-seq e alle tecniche di analisi delle sequenze nucleotidiche;
• attività pratiche al calcolatore dedicate all’utilizzo di software di assembly e di allineamento delle sequenze;
• analisi dei dati biologici attraverso il confronto con banche dati e interpretazione dei risultati ottenuti.

Ogni incontro sarà articolato in una parte introduttiva teorica seguita da attività pratica al computer.

Strumenti e materiali previsti – Agli studenti sarà fornito materiale didattico in formato cartaceo o elettronico. Le attività saranno svolte utilizzando gli strumenti informatici del Dipartimento di Ecologia e Biologia (DEB), in particolare i server di calcolo del Centro di Bioinformatica.

Soggetti coinvolti e tempistica – Il progetto sarà curato dalla Prof.ssa Tiziana Castrignanò, referente del Centro di Bioinformatica del DEB, che si occuperà della parte introduttiva e del supporto durante le attività al calcolatore, eventualmente con la collaborazione di un tutor. Le attività prevedono quattro incontri da 4 ore ciascuno, per una durata complessiva di 16 ore, dalle 11.30 alle 13.30 e dalle 14.30 alle 16.30, presso il Dipartimento di Scienze Ecologiche e Biologiche . Il percorso potrà essere svolto tra ottobre e febbraio. Requisiti richiesti per la partecipazione – La partecipazione al progetto è rivolta a studenti interessati alle discipline biologiche, informatiche e ambientali, con conoscenze di base nell’utilizzo del computer.

Sede di erogazione – Università degli Studi della Tuscia – Dipartimento DEB, sede di Viterbo.

Informazioni – 

Prof.ssa Tiziana Castrignanò – tiziana.castrignano@unitus.it