INTRODUZIONE AI PROGRAMMI PER L’ALLINEAMENTO DI SEQUENZE NUCLEOTIDICHE

 Il progetto intende fornire allo studente le competenze di base per l’uso di software di assembly e di allineamento di sequenze utilizzando, come caso d’uso, i dati di sequenziamento massivo di tipo RNA-seq di alcune specie di anfibi di interesse per la conservazione della biodiversità.

Tema del progetto: il progetto introduce alle metodologie della bioinformatica applicata allo studio delle sequenze nucleotidiche, attraverso l’utilizzo di software per l’assemblaggio e l’allineamento di sequenze. Come caso di studio verranno utilizzati dati di sequenziamento massivo di tipo RNA-seq relativi ad alcune specie di anfibi di interesse per la conservazione della biodiversità. Il percorso consente di comprendere il ruolo degli strumenti informatici nell’analisi dei dati biologici e nella ricerca scientifica.

Obiettivi formativi: il progetto introduce alle principali tecniche bioinformatiche per l’analisi di dati di sequenziamento massivo, con particolare riferimento all’assemblaggio del trascrittoma mediante algoritmi di assembly e all’annotazione delle sequenze ottenute attraverso il confronto con banche dati biologiche. Le studentesse e gli studenti approfondiranno le tecniche di allineamento delle sequenze basate sull’omologia, comprendendo come valutare il grado di similarità tra sequenze nucleotidiche note e sequenze assemblate.

Risultato finale atteso: alla fine dell’esperienza le studentesse e gli studenti avranno acquisito conoscenze di base sull’utilizzo di programmi bioinformatici per l’analisi di sequenze biologiche e saranno in grado di scegliere e utilizzare gli algoritmi di assembly e di allineamento più adeguati per l’analisi di dati di sequenziamento massivo RNA-seq.

Dettagli operativi del progetto

Le attività previste dal progetto comprendono:

• introduzione teorica ai principi della bioinformatica, al sequenziamento massivo RNA-seq e alle tecniche di analisi delle sequenze nucleotidiche;

• attività pratiche al calcolatore dedicate all’utilizzo di software di assembly e di allineamento delle sequenze;

• analisi dei dati biologici attraverso il confronto con banche dati e interpretazione dei risultati ottenuti.

Ogni incontro sarà articolato in una parte introduttiva teorica seguita da attività pratica al computer.

Strumenti e materiali previsti: sarà fornito materiale didattico in formato cartaceo o elettronico. Le attività saranno svolte utilizzando gli strumenti informatici del Dipartimento di Ecologia e Biologia (DEB), in particolare i server di calcolo del Centro di Bioinformatica.

Soggetti coinvolti e tempistica: il progetto sarà curato dalla Prof.ssa Tiziana Castrignanò, referente del Centro di Bioinformatica del DEB, che si occuperà della parte introduttiva e del supporto durante le attività al calcolatore, eventualmente con la collaborazione di un tutor. Le attività prevedono quattro incontri da 4 ore ciascuno, per una durata complessiva di 16 ore, dalle 11.30 alle 13.30 e dalle 14.30 alle 16.30, presso il Dipartimento di Scienze Ecologiche e Biologiche. Il percorso potrà essere svolto tra ottobre e febbraio.

Requisiti richiesti per la partecipazione: la partecipazione al progetto è rivolta a studentesse e studenti interessati alle discipline biologiche, informatiche e ambientali, con conoscenze di base nell’utilizzo del computer.

Sede di erogazione: Università degli Studi della Tuscia – Dipartimento DEB, sede di Viterbo.

Informazioni: Prof.ssa Tiziana Castrignanò – tiziana.castrignano@unitus.it